François Fernandez est né à Rouen en 1960, de parents musiciens (Jazz et Classique). Tout en poursuivant une formation moderne, il commence l'étude du violon baroque avec Gilbert Bezzina dès l'âge de 11 ans. Quelques années plus tard, c'est au Conservatoire Royal de La Haye qu'il se perfectionne, auprès de Sigiswald Kuijken (Diplôme de Soliste en 1980). Ces 20 dernières années, François Fernandez se consacre plus exclusivement à la musique de chambre. Pas seulement au violon, mais aussi sur toutes sortes d'instruments à cordes frottées: violino piccolo, alto, viole d'amour, violes de gambe et violoncello da spalla.
En tant que chambriste, Il a participé à des festivals importants du monde entier.